FI MU

Bioinformatika

Obor je určen pro studenty, kteří chtějí získat vedle všeobecných poznatků z informatiky i nejnovější znalosti v dynamicky se rozvíjejících oborech bioinformatika a výpočetní systémová biologie. V rámci oboru je možná specializace vhodnou volbou povinně volitelných předmětů. Je možné se zaměřit buď na zpracování, ukládání a analýzu biologických dat nebo na využití formálních metod pro analýzu a predikci chování biologických systémů.


Přihláška ke studiu (uzavřeno)

Informace o přijímacím řízení

7
Loni přijato
9
Loni uchazečů
12
Nyní studuje
33 %
Dívek

Studenti se mohou zapojit do aktivit laboratoře SYBILA

Magisterské navazující studium, jednooborové, prezenční, kód oboru 1802T026, akreditace do 31. 7. 2018, v češtině.

Podrobnosti o studiu

  • Kreditový systém studia na MU přináší značnou volnost při výběru předmětů a průchodu studiem. Na rozdíl od jiných informatických škol si na FI lze zapisovat i předměty z jiných fakult MU a rozšířit tak svoje dovednosti.

  • Mezi obory lze během studia přecházet. Student pro ukončení studia musí splnit podmínky nově zvoleného oboru.

  • Při splnění podmínek je automaticky udělováno prospěchové stipendium.

  • Diploma Supplement, nebo-li dodatek k diplomu, který každý absolvent získává, zajišťuje, že dosažené vzdělání bude uznané i v zahraničí.

Den otevřených dveří

Přijďte se za námi podívat, dozvíte se další informace.
Podrobnosti

DOD - vstupní hala
DOD - Botanická 68a

Studijní katalog

Ve studijním katalogu naleznete seznamy povinných a povinně volitelných předmětů a doporučený průchod studiem.

Katalog e-learningu

Učitelé FI prezentují využití elektronické podpory výuky ve svém předmětu.


Vybrané předměty

MU je otevřenou univerzitou, což znamená také zveřejnění velké části studijních materiálů. Nahlédněte na to, co Vás při studiu tohoto oboru čeká.

PA054 Formální modely v systémové biologii

RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Po absolvování tohoto kurzu bude student schopen: porozumět aktuálním trendům a otevřeným problémům v oblasti formálních metod pro modelování komplexních systémů; uplatnit formální metody v moderním systémovém výzkumu v biologii; použít vhodné nástroje specifické modelovanému problému.

PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Ing. Matej Lexa, Ph.D. a RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů.

PA055 Vizualizace komplexních dat

Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Studenti se seznámí s komplexními typy dat v bioinformatice i jiných disciplínách, způsoby jejich vizualizace na praktických příkladech v jazyce R a Processing nebo z vědecké literatury. Na konci kurzu dokáží: vysvětlit základní principy a cíle vizualizace; připravit data pro…

IV108 Bioinformatika II

Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Na konci kurzu budou studenti: podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech; dokáží pracovat s prostorovými…

Studenti

Prečo som si ako odbor vybral bioinformatiku? Pre to, že chcem študovať informatiku som bol rozhodnutý už dávno. Chcel som však študovať niečo, čo sa zaoberá aj inými oblasťami, než len informatikou. V biológii som síce nejak zvlášť nevynikal, na druhú stranu mi aj spolu s chémiou nikdy nerobili problém a tak som sa rozhodol pre bioinformatiku. A som rád, že som sa rozhodol práve takto! Aj keď sa to možno na prvý pohľad nezdá, bioinformatika ponúka mnoho možností. Či už vás zaujíma analýza genómu, modelovanie organizmov alebo štruktúra molekúl, v bioinformatike si každý môže nájsť to svoje.

– Bc. Jakub Šalagovič

Uplatnění absolventů

Absolvent oboru bude připraven pro praktickou či výzkumnou práci v tandemu informatik-biolog. Najde uplatnění v široké škále oblastí, mezi něž patří např. farmaceutický průmysl, medicínský výzkum a zdravotnictví, biotechnologie a potravinářství, či vývoj softwarových technologií pro řešení biomedicínských či biotechnologických problémů. Vzhledem k trvajícímu nedostatku expertů s tímto vzděláním i mimo ČR se pak dá předpokládat též jejich uplatnění v zahraničí.

Profil absolventa

Absolvent je vybaven obecnými teoretickými znalostmi z oblasti informačních technologií, matematického modelování a počítačové vizualizace a zároveň praktickými zkušenostmi z oblasti algoritmizace, softwarového inženýrství, užití databázových systémů, implementace počítačových sítí a operačních systémů s mezioborovými aplikacemi souvisejícími se zpracováním biologických dat a aplikací formálních metod v systémové biologii.

Kam po tomto studiu?

Absolventi oboru Bioinformatika se kromě výše uvedených možností často uplatní ve výzkumu, a to jak v zahraničí, tak i v týmech na MU. Další možností je pokračovat ve studiu v doktorském programu.

Průzkum uplatnění absolventů

Absolventi FI jsou oceňováni v praxi, jejich průměrný hrubý nástupní plat je více než 45 000 Kč, dle průzkumu všech stupňů studia z roku 2015.

Uplatnění absolventů podrobněji

Seznamte se s úspěšnými absolventy

Řada absolventů působí ve výzkumu v zahraničí (Monika Michalovová – Penn State University, USA, Daniel Vodak – Oslo University Hospital, Norsko) a ve výzkumných týmech MU (např. Jan Hapala, Vojtěch Bystrý, Adam Krejčí a Antonín Pavelka).

Mgr. Monika Čechová, roz. Michalovová
LinkedIn
Studium bioinformatiky na FI mi umožnilo naučit se základy informatiky, algoritmiky a programování ve stejném rozsahu, jaký absolvovali studenti třeba Aplikované informatiky. Jako bonus navíc jsem se mohla věnovat biologii a dobrovolně si zapisovat praktické předměty z jiných fakult (třeba práci v laboratoři molekulární biologie). V neposlední řadě jsem během studia v rámci pracovního úvazku byla mentorována vynikajícím biologem prof. Kejnovským z Akademie věd ČR. Na náš výzkum jsem pak navázala jako Ph.D. student na Penn State, kde momentálně zkoumám evoluci a funkci pohlavních chromosomů primátů; zejména Y chromosomu, na kterém se nacházejí geny důležité pro mužskou plodnost a spermatogenezi.
Monika Čechová

Vybrané diplomové práce

MU je otevřenou univerzitou, což znamená také zveřejnění závěrečných prací. Podívejte se, jaké práce předkládají studenti u státní závěrečné zkoušky.

Kompaktní reprezentace biochemických procesů fotosyntézy 2014

Juraj Nižnan

Archiv závěrečné práce
Rozšíření a refaktorizace nástroje BioDiVinE 2014

Martin Demko

Archiv závěrečné práce
Návrh a implementace analýzy sekvenačních dat pro detekci proteinových interakcí 2013

Adam Krejčí

Archiv závěrečné práce
Segregační analýza za účelem identifikace pohlavně vázaných genů na základě NGS dat 2013

Monika Michalovová

Archiv závěrečné práce
Digitální systémová biologie

Naším hlavním dlouhodobým cílem je vyvinout výpočetní metody a techniky pro automatizovanou analýzu komplexních biologických systémů s cílem zlepšit naše porozumění buněčným mechanizmům, které dávají vzniku života. Tyto metody jsou založeny na využití principů, používaných pro analýzu informačních systémů, jako např. formální metody verifikace. Současně usilujeme o vytvoření sady nástrojů (programů), které tyto metody podporují, a o jejich integraci do „digitální laboratoře pro systémovou biologii“.

Laboratoř systémové biologie (SYBILA)

Aktuální výzkumné projekty laboratoře jsou zaměřeny na automatizované ladění parametrů biochemických modelů, vývoj nástrojů pro analýzu velkých modelů na superpočítačích a v cloudech a na podporu modelování fotosyntézy. Úzce spolupracujeme s výzkumnými centry CEITEC a CzechGlobe. Do výzkumu se mohou zapojit již i studenti bakalářských programů.

Více informací

Bioinformatika

Ve výzkumu se zvlášť věnujeme pochopení složitosti eukaryotických genomů nad rámec jejich zjednodušeného chápání jako statického souboru genů kódujících proteiny. Zajímají nás i otázky integrace různorodých dat o genomu, či další problémy z oblasti efektivní analýzy biologických sekvencí a struktur.

Pozn.: Na FI nejsou laboratoře nebo výzkumné skupiny organizovány tak, že by odpovídaly konkrétnímu oboru studia. Různá témata se prolínají a výzkum reaguje na vývoj informatiky.

Zajímavosti o oboru

Vývoj software pro bioinformatiku

Studenti oboru se podílí na tvorbě softwaru pro analýzu sekvencí DNA, který je dnes součástí populárního open source systému R/Bioconductor. Balík triplex slouží k detekci pozic subsekvencí, které mají tendenci skládat tzv. vnitromolekulární triplex (H-DNA), v mnohem větších sekvencích.

bioconductor.org > triplex

Vývoj nástrojů pro systémovou biologii

Studenti mají rovněž možnost se zapojit do tvorby nástrojů pro modelování, sdílení a analýzu komplexních biologických systémů, jakými je například platforma pro podporu výzkumu buňky sinice „in silico“.

e-cyanobacterium.org

Zapojení do výzkumu

Studenti oboru participují na řešení výzkumných grantů, např. ve splupráci s Biofyzikálním ústavem Akademie věd ČR, Přírodovědeckou fakultou MU, či Centrem globální změny Akademie věd ČR.

V čem jsme unikátní v rámci ČR?
  • Nabízíme jako jediní ucelený studijní obor v bioinformatice a systémové biologii a to jak na bakalářské tak i navazující magisterské úrovni.
  • Jsme jake jediná informatická fakulta zapojeni do národní infrastruktury pro systémovou biologii.
  • Studenti aktivně participují na výzkumu již od příchodu na fakultu.
V čem jsme unikátní ve světě?
  • Náš nástroj BioDIVINE je jedinečným ve své schopnosti syntetizovat parametry biologických modelů s využitím formálních verifikačních metod.
  • Vyvinuli jsme jedinečnou mezinárodně uznávanou webovou platformu pro sdílení modelů fotosyntetických procesů.
  • Umíme automatizovaně ověřovat globální hypotézy o chování dynamických systémů na superpočítačích.
Twitter Facebook Google+
Znak FI MU


Kontakt: Studijní oddělení, tel. 549 491 818, e-mail studijni@fi.muni.cz

Se sledováním návštěvnosti nám pomáhají cookies. Používáním webu s tím souhlasíte. Ochrana soukromí.